RS Adam Malik dipimpin oleh 1 (satu) Direktur Utama. Dalam melaksanakan tugas, Direktur Utama dibantu 3 (tiga) Direktur yaitu:
1. Direktur Medik dan Keperawatan
2. Direktur SDM, Pendidikan dan Penelitian
3. Direktur Perencanaan, Keuangan dan Layanan Operasional